生物肥料生產(chǎn)企業(yè)發(fā)展太快、太多，但大多是小企業(yè)。它們是車間式生產(chǎn)，設(shè)備技術(shù)落后，員工素質(zhì)低。因此，生物肥料產(chǎn)品質(zhì)量參差不齊，產(chǎn)品成分不科學(xué)。

　　其種類繁多，但大多仍是傳統(tǒng)的固氮、解磷、解鉀細(xì)菌。其中一些甚至使用酵母，缺乏新的和有效的產(chǎn)品。菌株的靶效不穩(wěn)定，配方不合理，抗性差。

　　它本身的基礎(chǔ)研究和應(yīng)用研究還不夠，研究人員相對不足。其作用機(jī)理尚不清楚，對土壤和作物的影響有待進(jìn)一步研究。基礎(chǔ)研究嚴(yán)重滯后于實(shí)際生產(chǎn)，生物肥料推廣未能遵循試驗(yàn)、示范、推廣的程序。

　　缺乏要的市場監(jiān)督管理?xiàng)l件，少數(shù)企業(yè)在宣傳中夸大使用效果，使用不當(dāng)?shù)墓芾硎侄危踔辽a(chǎn)假冒偽劣產(chǎn)品，給農(nóng)民造成損失。管理不夠規(guī)范。許多未注冊的企業(yè)或產(chǎn)品，甚至假冒偽劣產(chǎn)品，仍在大力宣傳、生產(chǎn)、銷售，夸大生物肥料的作用。